Desde su creación, el ICC incluyó a la biodiversidad en sus líneas de trabajo, iniciando con la generación de información biológica, en los últimos años se han incluido estudios en avifauna, reptiles, anfibios, peces y escarabajos copronecrófagos, cuyos muestreos se han realizado especialmente en fincas de caña de azúcar, en las cuales ha trabajado en la identificación de oportunidades de conservación y restauración de la diversidad biológica.

El ICC también fue seleccionado por el Programa de Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD) para hacer un estudio técnico, propuesta de ley de área protegida y el Plan Maestro de los manglares Sipacate-Naranjo y su zona de playa y mar.