El conocimiento de los sistemas acuíferos de la costa sur de Guatemala es necesario para promover un uso racional del agua subterránea y por eso es una prioridad para el ICC.
El estudio del agua subterránea se ha desarrollado a través de cuatro tesis de maestría, así como recopilación de información local, varios estudios preliminares y con apoyo de investigadores internacionales. Los estudios están centrados principalmente en el abanico aluvial del volcán de Fuego, ubicado en la zona central de la costa sur, permitiendo elaborar un modelo conceptual que fue validado a través de estudios de hidroquímica, geofísica, geología, isótopos naturales y un modelo numérico. Estos estudios han ayudado a aclarar las interacciones entre el manto acuífero, los ríos y las norias, así como identificar algunas zonas vulnerables a la intrusión salina.
Es importante conocer dónde se ubican las zonas de recarga de agua subterránea para promover su conservación. Para determinar el origen del agua subterránea, el ICC estudia la composición isotópica del agua de lluvia, para compararla con la del agua subterránea. Dentro de esta línea de investigación se destaca la implementación de la primera red de totalizadores de lluvia para análisis químico e isotópico en Guatemala. Esta red se estableció en alianza con la Red Global de Isótopos en Precipitación (GNIP por su sigla en inglés), con sede en Austria, permitiendo tener un perfil de distribución de isótopos de oxígeno e hidrógeno en la lluvia para la costa sur de Guatemala.
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